Научные направления

Программа Школы будет состоять из лекций и секционных докладов ведущих ученых, сообщений молодых ученых (с конкурсом лучших работ), постерной сессии, а также практических занятий, включая научные секции по направления.

Содержание лекций (на английском) представлено ниже.

Секция:   ГЕНОМИКА

Секция посвящена актуальным проблемам системной биологии, связанным с современными технологиями высокопроизводительного секвенирования ДНК (NGS). Биоинформатика и системная биология регуляции экспрессии генов оказывается все более захватывающей в свете развития высокопроизводительных методов секвенирования нового поколения, обеспечивающих исследователей значительными массивами ценнейших данных нового типа, таких, как глобальное профилирование модификаций хроматина, полногеномные профили ДНК-белковых взаимодействий (ChIP-seq), полное профилирование транскриптома, полногеномное картирование SNP. Вопросы получения, эффективной обработки и интеграции данных являются ключевыми для решения задач регуломики, которым будут посвящены доклады на этой сессии.

Секция:   ЭВОЛЮЦИЯ

Данная секция посвящена вопросам происхождения и эволюция человека в  контексте новейших открытий археологии и палеогеномики. Будут рассмотрены методы биоинформатики для анализа древней ДНК, проблемы исследование геномов гоминид и современного человека.

Секция:   МАТЕМАТИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ГЕННЫХ СЕТЕЙ

Изучение регуляции экспрессии генов и реконструкции генных сетей является ключевым как для понимания механизмов функционирования живых организмов, так и выявления закономерностей развития клеток и органов.

 

ПРАКТИЧЕСКИЕ РАБОТЫ –

Данный блок будет посвящен анализу экспрессии генов, работе с базами данных, что также представлено в лекциях на научных сессиях. Новые, высокопроизводительные методы секвенирования (NGS) кардинально трансформируют современные биологические исследования, обеспечивая быстрое секвенирование полных геномов организмов и предоставляя возможности исследования геномных ассоциаций (GWAS), секвенирования индивидуальных геномов. Встают задачи компьютерной сборки (ассемблирования) полных геномов de novo, аннотирования полного транскриптома клеток, тканей и организмов (технология  RNAseq).

- практическое занятие
Computer databases for genome data analysis
Dr. Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov (ICG SB RAS, Novosibirsk)
Analysis of genome data needs integration of databases on next generation sequencing, gene expression and gene functional annotation. We consider examples of whole-genome sequencing data processing using tools and databases from UCSC Genome Browser, ENCODE project, NCBI and Ensembl.

- практическое занятие
Design and analysis of genetic association networks. Computer system ANDVisio
Dr. Tiys E.S. (ICG SB RAS, Novosibirsk)
We discuss Associative Network Discovery (AND) System. The system allows automated extraction of knowledge about molecular-genetic interactions in cell from scientific literature and databases using text-mining and data-mining approaches. ANDVisio is a tool for reconstruction of semantic associative networks. The AND system allows user to automatically reconstruct gene networks associated with some gene, protein, metabolite, miRNA, disease, pathway or cellular component.