Витвицкий А.А.
Компьютерное моделирование процесса самоорганизации белков MinDE во время роста и деления клетки
Система белков MinCDE присутствует в бактериях E. coli и предотвращает неправильное деление клетки [1]. Механизмы этого взаимодействия до сих пор не до конца ясны, а их моделирование затруднено тем, что классические инструменты, используемые в таких моделях, обладают слабой эффективностью в задачах с динамикой структуры моделируемой поверхности. В этой работе предлагается метод построения трехмерной неоднородной сетки, позволяющий имитировать различные формы поверхности бактериальных клеток и моделировать их динамику (т.е. клеточный рост и деление). На основе предложенного метода разработана клеточно-автоматная модель процесса самоорганизации белков MinDE в бактериях E. сoli. В отличие от существующих моделей [2], предлагаемая модель позволяет имитировать рост и деление клетки во время самоорганизации белков, что позволяет изучать двустороннюю связь между этими процессами.
Работа выполнена при частичной финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (14-01-31425 mol_a).
ЛИТЕРАТУРА
1. Lutkenhaus J. Assembly dynamics of the bacterial MinCDE system and spatial regulation of the Z ring // Annu. Rev. Biochem. 2007. № 76. P. 539-562.
2. Bonny M., Fischer-Friedrich E., Loose M., et al. Membrane Binding of MinE Allows for a Comprehensive Description of Min-Protein Pattern Formation // PLOS Computational Biology. 2013. Т.9. №12. C.1–12
К списку докладов