XIV Российская конференция с международным участием
"Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)

№ гос. регистрации 0321300118
26 ноября - 30 ноября 2012, Новосибирск

Подколодный Н.Л.   Семенычев А.В.   Рассказов Д.А.   Деменков П.С.   Боровский В.Г.   Подколодная Н.Н.   Ананько Е.А.   Игнатьева Е.В.   Подколодная О.А.  

Распределенная система restful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей

Докладчик: Подколодный Н.Л.

Разработан распределенный программный комплекс на основе RESTful-Web-сервисов, который ориентирован на решение задач реконструкции генных сетей на основе интеграции данных из гетерогенных источников информации о молекулярно-генетических взаимодействиях, метаболических и сигнальных путях, генных сетях, а также анализа их структуры. Программный комплекс поддерживает сервисы доступа к внешним источникам данных по молекулярно-генетическим взаимодействия, интеграции данных и реконструкции генных сетей, доступа к интегрированной базе данных по генным сетям и сервиса анализа графов генных сетей.
Интегрированная база данных по генным сетям реализованная под управлением СУБД Oracle 11g, включает в себя словари, содержащие унифицированные имена сущностей для описания генных сетей (гены, белки, метаболиты и др.) и информацию о молекулярно-генетических взаимодействиях, реакциях и регуляциях в генных сетях из гетерогенных источников информации, которая представлена в виде нескольких уровней описания. Первый уровень - «сырые данные», представленные в форматах источника данных. Второй уровень – привязанные к унифицированным именам и идентификаторам предварительно обработанные данные, включающие проекцию на схему интегрированной базы данных. Интегрированная база
Программный комплекс включает модули для расчета различного рода характеристик графа генных сетей, в частности: распределение степеней вершин, коэффициенты кластеризации, диаметр графа, плотность графа, индекс центральности, индекс Боначича, индекс Фримана, спектр графа, поиск структурных мотивов, поиска циклов в графе генных сетей и др.
Анализ структуры генных сетей, выявление закономерностей структурно-функциональной организации генных сетей, выделение подсистем, редукция описания молекулярно-генетических и построение на этой основе структурной модели генной сети являются важнейшими этапами исследования генных сетей и первым шагом в создании математических моделей динамики генных сетей.

 


К списку докладов