Колмыков С.К. Евшин И.С. Колпаков Ф.А.
Анализ NGS данных по регуляции транскрипции
Reporter: Колмыков С.К.
База данных GTRD (http://gtrd.biouml.org) содержит более 30 000 единообразно обработанных NGS экспериментов по регуляции транскрипции (СhIP-seq, ChIP-exo, DNase-seq, ATAC-seq, MNase-seq и FAIRE-seq). Для обработки этих типов данных были разработаны сценарии для системы управления распределенными вычислениями eGrid и платформы BioUML.
Ключевые слова: GTRD, BioUML, NGS, регуляция транскрипции, ChIP-seq, ChIP-exo, DNase-seq, ATAC-seq, FAIRE-seq.
ANALYSIS OF NGS DATA ON THE TRANSCRIPTIONAL REGULATION
Kolmykov S.K., Evshin I.S., Kolpakov F.A.
The GTRD database (http://gtrd.biouml.org) contains over 30,000 uniformly processed NGS experiments on transcriptional regulation (ChIP-seq, ChIP-exo, DNase-seq, ATAC-seq, MNase-seq and FAIRE-seq). To process these types of data, pipelines have been developed for the eGrid distributed computing management system and the BioUML platform.
Ключевые слова на английском языке: GTRD, BioUML, NGS, transcriptional regulation, ChIP-seq, ChIP-exo, DNase-seq, ATAC-seq, FAIRE-seq.
To reports list
