Куляшов М.А. Колмыков С.К. Евшин И.С. Колпаков Ф.А.
Описание, характеристика и алгоритм создания словаря клеточных типов и тканей в базе данных GTRD
Reporter: Куляшов М.А.
ОПИСАНИЕ, ХАРАКТЕРИСТИКА И АЛГОРИТМ СОЗДАНИЯ СЛОВАРЯ КЛЕТОЧНЫХ ТИПОВ И ТКАНЕЙ В БАЗЕ ДАННЫХ GTRD
Куляшов М.А(1)(2), Колмыков С.К(1)(2)(3), Евшин И.С(1)(2),Колпаков Ф.А(1)(2)
(1)Институт вычислительных технологий СО РАН, г. Новосибирск
(2) Biosoft.ru, г. Новосибирск
(3) Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск
База данных GTRD (http://gtrd.biouml.org) содержит информацию по сайтам связывания транскрипционных факторов и участкам открытого хроматина. Клеточные типы и ткани представленные в GTRD, были: 1) упорядочены в единый словарь (3954 записей); 2) разделены на 90 уникальных кластеров; 3) 3175 записей были сопоставлены с основными базами данных клеточных типов; 4) использованы для сопоставление экспериментов с базами данных по регуляции транскрипции: 588 для FANTOM 5, более 5962 для ENCODE и 21720 для GTEx.
Ключевые слова: GTRD, структура базы данных, словарь клеточных типов и тканей, онтология клеточных типов
DESCRIPTION, CHARACTERISTIC AND ALGORITHM FOR CREATION OF A DICTIONARY OF CELL TYPES AND TISSUES IN THE GTRD DATABASE
Kulyashov M.A(1)(2), Kolmykov S.К(1)(2)(3), Yevshin I.S.(1)(2), Коlpakov F.A(1)(2)
(1)Institute of Computational Technologies SB RAS, Novosibirsk
(2) Biosoft.ru, Novosibirsk
(3)Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk
The GTRD database (http://gtrd.biouml.org) contains information on transcription factor binding sites and open chromatin. The cell types and tissues presented in the GTRD: 1) were arranged in a single dictionary (3954 entries); 2) were divided into 90 unique clusters; 3) 3175 records were compared with a main databases of cell types; 4) were used to match experiments with the databases of transcription regulation: 588 for FANTOM 5, more than 5962 for ENCODE and 21720 for GTEx.
Keywords: GTRD, database structure, dictionary of cell types and tissues, cell type onthology
To reports list
