Внутривидовая таксономия и филогеографическая структура сибирской косули (Caperolus pygargus) слабо изучены по сравнению с европейской косулей (Caprolus capreolus). Имеющиеся данные позволяют предполагать наличие как минимум двух генетически различающихся группировок – западной (Урал и Западная Сибирь) и восточной (к востоку от Байкала, включая Корейский полуостров). Филогенетические отношения между этими группами, равно как и их таксономический статус, остаются под вопросом. Мы использовали объединенные последовательности гена цитохрома b (1140 пн) и контрольного региона митохондриальной ДНК (963 пн) от 119 особей косули из 12 географических популяций (объединенных в 7 регионов, не менее 20 особей из каждого региона) из России, Монголии и Южной Кореи для характеристики генетического разнообразия и филогеографической структуры населения сибирской косули. Особое внимание было уделено генетическим характеристикам периферийных и островных группировок. Результаты свидетельствуют о наличии филогеографической структурированности в населении косули, пространственное распределение филогрупп подтвержадет ранее описанные ареалы подвидов C. pygargus pygargus и C. pygargus tianschanicus. Мы показываем, что периферийные группировки вида из северной и северо-западной частей ареала имеют генетическую специфику и отличаются от популяций в центральной части ареала как по уровню генетического разнообразия, так и по набору гаплотипов. Популяция сибирской косули на острове Чеджу является уникальной группировкой где присутствие древней генетической линии сочетается со специфическим набором морфологических параметров