Московский семинар по биоинформатике Дмитрий Первушин «Вторичная структура и процессинг пре-мРНК: исследование методами сравнительной геномики»

25 октября 2012 г., Москва

Рубрики: Семинар | Биология, Биотехнологии

URL мероприятия: http://www.rtcb.iitp.ru/msb/Index.htm

Описание:

Четверг, 25 октября 2012 года, 18:00, Москва, МГУ, лабораторный корпус «Б».

Тема заседания — доклад Дмитрия Первушина, ФББ МГУ им М. В. Ломоносова, Centre for Genomic Regulation, Barcelona;
«Вторичная структура и процессинг пре-мРНК: исследование методами сравнительной геномики»

Задача предсказания вторичной структуры РНК по нуклеотидной последовательности появилась на заре биоинформатики в 70-е годы и стала очень популярна благодаря тому, что в ней содержится увлекательная комбинаторная часть — поиск обращенных палиндромов. Для коротких структурированных последовательностей она хорошо решается методом динамического программирования. Существует также другая группа методов, основанная на сравнении родственных последовательностей. Одновременное выравнивание последовательностей РНК и предсказание их вторичной структуры может быть решено динамическим программированием за время O(n^6), но даже в максимально упрощенном виде алгоритм остается слишком сложным для полногеномных исследований. Однако основная проблема заключается не в степени алгоритма, а в том, что с увеличением n он начинает работать неправильно из-за запрета на псевдоузлы. В докладе будет представлен новый, основанный на комбинаторных трюках, метод нахождения консервативных комплементарных участков РНК, не имеющий запрета на псевдоузлы. Также будет рассказано о консервативных структурах РНК, предположительно участвующих в регуляции событий альтернативного сплайсинга и альтернативного полиаденилирования у млекопитающих, дрозофил, и нематод. В большинстве случаев эти структуры отличаются от классических шпилечных структур именно длиной петли — она может достигать нескольких килобаз. Также будет рассказано о предсказании межмолекулярных РНК-РНК взаимодействий и о том, какие результаты дают эти предсказания для классов длинных некодирующих РНК и белок-кодирующих РНК.

Рабочий язык семинара — русский.

Адрес:
Москва, МГУ, лабораторный корпус «Б» (факультет биоинженерии и биоинформатики), комната 221 (2 этаж, направо по коридору).
Проезд: Станция метро Университет, автобусы 187, 260, 130, 103, 113, 661, 47 или троллейбус 34 до остановки: «Улица Менделеевская».
Схема проезда

Источник информации: http://elementy.ru/